Durante el reinado del emperador Augusto, la ciudad griega y la romana se unieron física y jurídicamente bajo el nombre de Municipium Emporiae, que abandonarían finalmente en la segunda mitad del siglo III d.C. De su época romana se conserva la domus de mosaicos, una de las casas más importantes de la ciudad. Debajo de esta se conserva el Criptopórtico, una galería o corredor subterráneo destinado a la circulación o al almacenamiento. Junto a ésta, también se conservan los restos de otras dos grandes casas. Además pueden observarse las termas públicas, el fórum, donde se encuentran la basílica, la curia y el templo capitolino, la latabernae o el lugar donde se concentraban las casas más humildes y las tiendas, así como el anfiteatro y la palestra.