En Saqqara, Imhotep (el primer arquitecto conocido del mundo) diseñó para su faraón Zoser, de la dinastía III, una tumba revolucionaria: una pirámide escalonada, la primera de grandes dimensiones erigida en Egipto. También se encuentran muchas mastabas de miembros de la élite del Imperio Antiguo, que solían disponerse próximas a las pirámides de sus soberanos, desde Zoser (Dyeser) hasta Pepi II.
Durante el Imperio Antiguo, Saqqara fue abandonada como lugar real de enterramiento, eligiéndose Giza como nueva necrópolis real, durante la dinastía IV. Shepseskaf volvió a utilizarla, así como los faraones siguientes de la dinastías V y VI.