El II marqués crea la Universidad Pontificia, aunque el edificio fue levantado por los Jesuitas; Don Claudio se lo ofrece al Papa, otorgándole el titulo de Pontificia. A finales del XIX, Comillas es uno de los lugares, junto con Santander, de mayor prestigio estival del Cantábrico. El 5 de septiembre de 1881, tras la determinación del monarca Alfonso XII y en el transcurso de una sesión del Consejo de Ministros en la villa, Comillas se convirtió en la capital de España por un día. En esta histórica reunión estuvieron presentes el propio Rey, el presidente del Consejo, Sagasta, y los generales Pavía y Martínez Campos.